Desde 2012, o Inter SM mantém as suas categorias de base em parceria com a Associação dos Parceiros do Clube do Coração (APCC). Visando possibilitar as crianças a prática do esporte, além disso, busca descobrir novos talentos. Em 2018, a equipe Sub-17 do Inter SM conquistou o título do Estadual Juvenil B. Já em 2019, a categoria Sub-17 disputou o Campeonato Estadual Juvenil e ficou entre as 10 melhores equipes, sendo um total de 40 times participantes. Em 2023, a base retornou as competições e consagrou-se campeão do Gauchão Sub-17 A2, garantido a vaga ao estadual A1 da categoria em 2024.

​

​

​

​

​

​

​

ESCOLA DE FUTEBOL

​

Em março de 2019, o Inter SM anunciou a sua primeira franquia de escolas de futebol. A Escola de Futebol Inter SM conta com profissionais qualificados que tem por objetivo iniciar e ensinar a prática esportiva, respeitando os níveis de desenvolvimento de cada aluno e contribuindo positivamente na construção de valores éticos e morais. Atendendo meninos e meninas de cinco a 17 anos, busca identificar potenciais jovens atletas para serem indicados as categorias de base do clube.

​

​

​