O Esporte Clube Internacional de Santa Maria foi fundado em 16 de maio de 1928 por iniciativa de um grupo de jovens no extinto Café Guarany. A criação partiu da vontade de criar um novo clube de futebol em Santa Maria, que fosse forte o suficiente para derrotar o até então único time existente na cidade.

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A escolha do nome Internacional é pela expressão que foge apenas do regional. As cores de origem do Inter SM foram preto, amarelo e vermelho. Mas devido a II Guerra Mundial, as cores tiveram que serem mudadas, adotando então o vermelho e o branco como as suas cores.

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Já o primeiro campo do alvirrubro foi no antigo Prado, em seguida, passou a jogar no campo do Militar, que ficava localizado em frente ao Quartel da Brigada Militar.

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A primeira partida do Inter SM aconteceu em 19 de agosto de 1928, contra o Militar Foot-Ball Clube, que venceu pelo placar de dois a zero. Ainda no mesmo ano, ocorreu a primeira vitória do alvirrubro, diante do União F.B.C., por quatro a um.

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Já a primeira vitória em partidas oficiais, só aconteceu em 1930, com um gol de Tabica diante do 7 de Setembro. No mesmo ano, foi realizado o primeiro clássico Rio-Nal, conhecido como Inter-Rio na época, que terminou empatado em 1x1.

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A década de 40 foi de muitas vitórias dentro e fora do de campo para o alvirrubro A primeira vitória do Inter SM no clássico foi em 1940, quando venceu o rival por 1x0. Dois anos depois, conquistou o primeiro título citadino invicto. Em 1943, deu-se início a construção da atual casa do Inter SM, o Estádio Presidente Vargas, com a sua inauguração em 1947. Em 1952, a área onde se localiza o Estádio Presidente Vargas foi doada ao Inter SM pelo prefeito de Santa Maria na época, Heitor Silveira Campo.

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No ano de 1968, o Internacional foi campeão da Zona B do Ascenso e se classificou para a Divisão Especial no ano seguinte.

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A década de 80 também foi marcante para o alvirrubro. Em 1980, o Inter SM ficou em 3º lugar no hexagonal final do Campeonato Gaúcho, classificando-se para a Taça Prata – atual série B do Campeonato Brasileiro – em 1981. Já em 1982, o alvirrubro disputava a Taça Ouro – atual série A do Brasileirão –, aonde chegou até a segunda fase da competição.

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Em 1985, outro fato histórico no Inter SM. Sirlei Dalla Lana, presidente do alvirrubro, foi a primeira mulher presidente de um clube profissional no Brasil.

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Em 1990, o Internacional fez uma bela campanha na 2ª divisão. Foram 29 jogos invicto, 21 vitórias, oito empates, o ataque mais positivo, a defesa menos vazada, o goleador do campeonato (Mauro - 19 gols), o goleiro menos vazado (Miguel) e não perdeu nenhum jogo em Santa Maria.

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A tão esperada volta a elite do futebol gaúcho aconteceu em 2007, quando o Inter SM terminou a Divisão de Acesso na vice-liderança. Em 2008, o alvirrubro foi 3º colocado no Campeonato Gaúcho e garantiu vaga na série C do Campeonato Brasileiro.

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No ano de 2011, com uma má campanha no Gauchão, o alvirrubro acabou rebaixado da competição. Já em 2017, o Inter SM manteve a invencibilidade no Estádio Presidente Vargas e chegou a semifinal da Divisão de Acesso. No ano seguinte, o Alvirrubro manteve o bom desempenho e mais uma vez foi até a semifinal da competição. Em 2019, por dois pontos do último classificado, a equipe foi eliminada logo na primeira fase da Divisão de Acesso. Já no ano seguinte, a a competição foi cancelada devido à pandemia de COVID-19. Ainda no mesmo ano, a equipe disputou a Copa FGF - Troféu Ibsen Pinheiro e chegou até as semifinais, quando foi eliminada pelo Santa Cruz nos pênaltis. Em 2021, o Inter SM não conseguiu a classificação para a fase final da Divisão de Acesso. O mesmo aconteceu em 2022, ficando mais uma vez fora das quartas de final. No mesmo ano, o Alvirrubro disputou a Copa FGF - Troféu Tarciso Flecha Negra e chegou até as oitavas de final do campeonato.